Pemberontakan DI/TII
Selain digoyang dari sisi kiri atau komunis, Indonesia khususnya Pancasila pun disikat oleh pihak lain pada tanggal 7 Agustus 1949, pemberontakan DI/TII berlangsung di bawah pimpinan Sekarmaji Marijan Kartosuwiryo.
Inti dari pemberontakan itu adalah untuk mengganti ideologi Pancasila menjadi syariat Islam. Biarpun Indonesia diisi oleh mayoritas umat Islam, namun harapan bapak bangsa bahwa NKRI harus menjadi rumah yang teduh bagi siapapun penganut agama dan paham lainnya.
Pada akhirnya pemberontakan tersebut tidak berlangsung mulus. Kartosuwiryo dan semua pengikutnya kemudian ditangkap pada tanggal 4 Juni di tahun 1962.
Pemberontakan RMS
Pemberontakan RMS merupakan sebuah tragedi pemberontakan yang dipimpin oleh Christian Robert Steven Soumokil dengan tujuan untuk membentuk negara sendiri yang berdiri pada tanggal 25 April 1950.
Adapun Negara yang akan didirikan terdiri atas pulau Seram, Ambon dan Buru. Akan tetapi upaya pemberontakan tersebut dikalahkan tentara Indonesia untuk wilayah Buru dan Ambon. Akan tetapi pemberontakan di Seram masih terus berlanjut sampai Desember 1963.