Namun, dibalik kesepakatan tersebut dilakukan beberapa perubahan sebagai penyesuaian oleh PPKI hingga akhirnya disahkan sebagai Pembukaan UUD 1945.
Penyesuaian tersebut dilakukan agar naskah Pembukaan UUD menjadi lebih baik lagi. Adapun empat perubahan yang telah disepakati, yaitu pada kata Mukaddimah yang diganti dengan kata Pembukaan.
Perubahan lainnya juga terjadi pada sila pertama, yaitu “Ketuhanan dengan kewajiban menjalankan syari’at Islam bagi pemeluk-pemeluknya” diganti dengan rumusan “Ketuhanan Yang Maha Esa.”