O-kuinon tersebut kemudian menghasilkan warna coklat yang terdokumentasi dengan baik dengan bereaksi membentuk senyawa dengan asam amino atau protein, atau berkumpul sendiri untuk membuat polimer.
Perlu diketahui, warna kecokelatan yang terjadi pada buah apel satu dan yang lain berbeda. Ini lantaran hampir semua jaringan tanaman mengandung PPO, namun tingkat aktivitas PPO dan konsentrasi substrat atau senyawa fenolik dapat bervariasi antar varietas buah.
Selain itu, tingkat PPO jaringan dapat bervariasi tergantung pada kondisi pertumbuhan dan kematangan buah. Salah satu pendekatan yang digunakan industri makanan untuk mencegah pencoklatan enzimatik adalah dengan memilih varietas buah yang kurang rentan terhadap perubahan warna, baik karena aktivitas PPO yang lebih rendah atau konsentrasi substrat yang lebih rendah.
Pencoklatan enzimatik di dapur rumah dapat dicegah dengan mengurangi aktivitas oksidasi PPO atau menurunkan jumlah substrat yang dapat diikat oleh enzim. Melapisi apel yang baru dipotong dengan gula atau sirup dapat mengurangi difusi oksigen sehingga memperlambat reaksi pencoklatan.