Selanjutnya, ia terus menekuni ilmu sejarah dengan mengikuti Program Master di Departemen Sejarah Universitas Ohio, Amerika Serikat.
Sementara gelar doktornya diperoleh dari Program Studi Bahasa dan Peradaban Timur Dekta, Universitas Chicago, AS.
Selama kuliah di tanah air, ia sempat menggeluti beberapa pekerjaan untuk kelangsungan hidupnya seperti pernah menjadi guru mengaji dan buruh sebelum diterima sebagai pelayan toko kain di tahun 1958. Setelah kurang lebih setahun menjadi pelayan toko, ia membuka dagang kecil-kecilan bersama teman-temannya dan sempat menjadi guru honorer di Baturetno dan Solo.
Selain itu ia juga sempat menjadi redaktur Suara Muhammadiyah dan anggota Persatuan Wartawan Indonesia.
Sementara saat bersekolah di Chicago, ia terlibat secara intensif melakukan pengkajian terhadap Al-Quran dengan bimbingan dari seorang tokoh pembaharu pemikiran Islam, Fazlur Rahman.
Di sana juga ia kerap terlibat diskusi intensif dengan Nurcholish Madjid dan Amien Rais yang sedang mengikuti pendidikan doktornya.
Kisah masa kecilnya pun sempat ditulis dalam sebuah novel oleh Damiem Demantra yang berjudul 'Si Anak Kampung'
Kini sang tokoh sudah mengembuskan napas terakhir meski sebelumnya sempat dirawat di RS PKU Muhammadiyah Gamping pada 14 Mei 2022 yang lalu karena sesak nafas.
Pada 17 Mei pihak rumah sakit menyebutkan kondisi Buya Syafii sudah stabil namun masih memerlukan banyak istirahat.
Kini ia sudah bisa berisirahat dengan tenang dalam keabadian.
(Natalia Bulan)