Belum lama ini, masalah yang muncul di kampus tersebut di antaranya dugaan plagiat yang dilakukan Rektor Prof Mudjia Raharjo, kasus korupsi pengadaan lahan untuk kampus II di Junrejo Kota Batu yang salah satu tersangkanya adalah mantan rektor Prof Imam Suprayogo.
Namun, Imam dinyatakan tidak terbukti dan tidak bersalah, dan yang masih hangat adalah kasus diperkarakannya Rektor Prof Mudjia oleh stafnya karena menyalahi aturan kontrak dengan memecat secara sepihak salah seorang stafnya, yakni Abdul Aziz.
Perkara terakhir itu sudah mulai proses persidangan di Pengadilan Negeri(PN) Malang. Namun, pada sidang pertama dan kedua kasus gugatan wanprestasi mantan karyawan UIN Maliki tersebut, Rektor Prof Mudjia Raharjo tidak hadir, hanya diwakili dua kuasa hukumnya dan menghasilkan mediasi selama 40 hari.
(Muhammad Saifullah )