Pada dasarnya, klasifikasi sistem alami menggunakan persamaan dan perbedaan dari morfologi (bentuk luar tubuh).
Contohnya hewan dikelompokkan berdasarkan cara geraknya, ada yang berkaki dua, berkaki empat, memiliki sayap, bersirip, dan melatah. Pada tumbuhan misalnya daun yang menyirip, menjari, atau sejajar.
2. Klasifikasi sistem buatan (artifisial)
Klasifikasi ini awalnya dibuat oleh Aristoteles yang membagi makhluk hidup menjadi dua kingdom, yaitu animalia (hewan) dan plantae (tumbuhan).
Melansir dari Modul Pembelajaran SMA Biologi Kelas X oleh Artanti, S. Si (2020), dasar dari klasifikasi ini memakai struktur morfologi, anatomi, perkembangbiakan, dan habitat makhluk hidup.
Contoh berdasarkan tempat hidup, ada hewan yang hidup di air dan di darat. Lalu berdasarkan perkembangbiakan ada tumbuhan yang berkembang biak secara generatif, vegetatif alami, dan vegetatif buatan.
3. Klasifikasi sistem filogenetik
Klasifikasi ini dikemukakan oleh Charles Darwin pada 1859 setelah teori evolusi muncul.
Menurutnya, klasifikasi memiliki hubungan keterkaitan dengan evolusi.
Sistem ini ini merupakan klasifikasi yang modern. Semakin dekat hubungan kekerabatan makhluk hidup, maka makin banyak persamaannya.
Begitu pula sebaliknya.
Klasifikasi ini didasarkan pada tes biokimia, terutama pada kromosom, DNA, dan susunan protein organisme.
Contohnya orang utan lebih dekat dengan monyet dibandingkan manusia.