Sebenarnya penetapan daerah istimewa ini terjadi setelah Proklamasi Kemerdekaan Indonesia 17 Agustus 1945.
Awal berdirinya provinsi ini beriringan dengan berdirinya Kasultanan Yogyakarta dan Kadipaten Pakualaman.
Yogyakarta yang baru bergabung dengan NKRI pada saat itu menerima piagam pengangkatan menjadi Gubernur dan Wakil Gubernur Provinsi DIY dari Presiden Republik Indonesia, Ir. Soekarno.
Hingga tanggal 5 September 1945, keluarlah amanat pertama secara resmi mendeklarasikan DIY masuk ke dalam NKRI.
Amanat kedua keluar pada 30 Oktober 1945, menyatakan bahwa kepemimpinan Pemerintahan di DIY akan dipimpin oleh Sri Sultan Hamengkubuwono IX dan Sri Paduka Paku Alam VIII serta Badan Pekerja Komite Nasional.