Seperti banyak ulama Iran lainnya, Mojtaba menjalani pendidikan agama di kota Qom, yang dikenal sebagai pusat pendidikan teologi Syiah di Iran. Di kota ini, ia mempelajari fikih Islam dan teologi di berbagai hauzah atau seminari agama.
Selama masa studinya, ia belajar di bawah bimbingan sejumlah ulama terkemuka, di antaranya:
Mesbah-Yazdi sendiri dikenal sebagai salah satu ideolog konservatif yang memiliki pengaruh besar dalam politik Republik Islam Iran.
Dalam perjalanan akademiknya, Mojtaba juga disebut pernah mengajar di seminari Qom, termasuk mengampu kelas tingkat lanjut yang dikenal sebagai dars-e kharej, yakni level tertinggi dalam pendidikan keagamaan di sistem hauzah.
Meski berasal dari keluarga penguasa dan memiliki pengaruh besar, Mojtaba Khamenei dikenal sebagai sosok yang relatif tertutup dan jarang muncul di hadapan publik.
Ia tidak pernah memegang jabatan resmi dalam pemerintahan Iran. Namun sejumlah analis menilai Mojtaba memiliki hubungan dekat dengan Islamic Revolutionary Guard Corps (IRGC), lembaga militer yang sangat berpengaruh dalam struktur kekuasaan Iran.