Setelah lulus, Anies lalu melanjutkan pendidikannya ke SMA Negeri 2 Yogyakarta. Saat di SMA pun Anies aktif dalam organisasi dan kepelatihan. Ia bahkan sempat menjadi Wakil Ketua OSIS dan terpilih mengikuti pelatihan kepemimpinan bersama tiga ratus orang ketua OSIS di seluruh Indonesia pada 1985.
Lalu pada 1987 ia terpilih untuk menjadi salah satu siswa di pertukaran pelajar AFS di Milwaukee, Wisconsin, Amerika Serikat.
Setelah lulus dari SMA, Anies sempat menjajal bidang jurnalistik dan berkuliah di Universitas Gajah Mada Fakultas Ekonomi. Saat menempuh pendidikan S1, Anies mendapatkan beasiswa JAL Foundation untuk berkuliah di Sophia University, Tokyo, selama musim panas.
Anies pun kemudian melanjutkan pendidikannya di jenjang S2 pada 1998. Ia mengambil studi Master of Public Management, Universitas Maryland, Amerika Serikat.
Demikian juga dengan pendidikan S3nya yang ia tempuh di Northen Illinois University, Amerika, pada 2004 silam.
(Feby Novalius)