Sistem pendidikannya terbagi menjadi dua tahap. Di tahun pertama, peserta didik akan melalui program pendidikan integratif di Resimen Chandradimuka Magelang.
Setelah itu melanjutkan pendidikan AAU di Yogyakarta selama empat tahun.
AAU juga telah bekerja sama dengan beberapa perguruan tinggi lain, di antaranya Universitas Gadjah Mada (UGM), Institut Teknologi Bandung (ITB), Institut Teknologi Surabaya (ITS), Universitas Negeri Yogyakarta (UNY), dan Sekolah Tinggi Teknologi Adisucipto.
2. Akademi Militer Magelang
Akademi Militer (AKMIL) adalah sekolah kedinasan milik Pemerintah RI dan berada dibawah naungan Kementerian Pertahanan Nasional RI.
Lulusan Akmil nantinya akan menjadi seorang perwira TNI AD berpangkat letnan dua sesuai korps/kecabangan masing-masing.
Selain itu, lulusan Akmil akan memiliki kompetensi dasar jabatan golongan VIII setingkat dengan komandan peleton dan kualifikasi akademis Diploma IV, dengan gelar Sarjana Terapan Pertahanan S.Tr. (Han).