Catatan sejarah lainnya, pada 5 Maret 1942, ketika Jepang menguasai Kota Yogyakarta, benteng ini diambil alih oleh tentara Jepang.
Beberapa bangunan di Benteng Vredeburg digunakan sebagai tempat tawanan orang Belanda dan orang Indonesia yang melawan Jepang.
Benteng Vredeburg digunakan pula sebagai markas Kempetai dan juga sebagai gudang senjata serta amunisi tentara Jepang.
(Natalia Bulan)