Di SMA, ia menunjukkan prestasinya terutama dalam pelajaran-pelajaran eksakta. Karena itu ia menjadi sosok favorit di sekolahnya.
Setamat SMA di tahun 1954, Habibie belajar di Institut Teknologi Bandung dengan mengambil jurusan teknik mesin.
Namun, perkuliahan di ITB hanya sebentar dijalaninya. Ia pindah ke Institut Teknologi Rhine-Westphalia Utara (RWTH Aachen) di Aachen, Jerman Barat.
Habibie mendapatkan gelar Diploma dari Fakultas Mekanikal Engineering. Dari kampus yang sama, Habibie mendapatkan gelar doktor pada bidang konstruksi pesawat terbang dengan predikat summa cum laude pada tahun 1965.
Saat ini beberapa penemuan BJ Habibie sudah diakui dalam dunia penerbangan, di antaranya Dornier DO-31, Crack Progression Theory, Pesawat N250 Gatot Kaca, Dan Pesawat R80.